Die Franziskanermönche begannen 1246 in Arnstadt mit dem Bau ihres Klosters und der dazugehörigen Kirche. In der ersten Bauphase bis 1260 entstand ein einschiffiger, turmloser Kirchenbau und ca. 10 Jahre später gab es bereits ein niedriges Klostergebäude, Kapitelsaal mit Zugang zur Sakristei sowie wahrscheinlich einen hölzernen Kreuzgang.
Im Zusammenhang mit den Bauarbeiten der zweiten Bauphase zur Erweiterung des Kirchengebäudes begannen die Mönche an der Südseite der Kirche bis etwa 1300 das Klausurgebäude mit Kreuzgang und Kreuzhof zu errichten.
Teile dieses Kreuzgangs sind heute noch zu sehen. Am besten zeigen der Nord- und Ostflügel noch die ehemalige Gestalt. Der Kreuzgang besteht aus dreiteiligen Spitzbogenfenstern, deren mittlerer Bogen erhöht ist. Oberhalb des Kreuzgangs befanden sich Mönchszellen mit kleinen rechteckigen Fensteröffnungen, die man noch heute im Mauerwerk erkennen kann.
Foto: Andreas Hirsch / © Oberkirche Arnstadt e. V.
Im Gegensatz zu den kleinen Zellenfenstern sind zu den darüber sichtbaren größeren Zellenfenstern im Gebäudeinneren noch einige Räume vorhanden bzw. durch Türen oder Wandschränke erkennbar. Wieviele Zellen es seinerzeit gegeben hat, lässt sich nicht mehr feststellen. Aber mehr als 30 Mönche scheint das Kloster seinerzeit nicht beherbergt zu haben.
Die Sakristei liegt an der Südseite der Kirche in Nähe des Chors. Sie hat zwei gotische Kreuzgewölbe, die in Konsolen enden.
Im zweiten Viertel des 15. Jahrhunderts erfolgte eine Aufstockung der Klausurgebäude. Der über der Sakristei befindliche Raum entstand ebenfalls in dieser Zeit. Er ist mit einem spitzbogigen Tonnengewölbe und drei Stichkappen ausgestattet und war nach Überlieferung das Refektorium des Klosters. Eine noch erhaltene alte Tür führte einst über den Oberstock des Kreuzgangs zur Kirche.
Nach Einführung der Reformation in Arnstadt wurde 1538 das Kloster aufgelöst und die Mönche verließend das Kloster. Ein Jahr später fiel die Kirche an die Stadt Arnstadt und das Klosterareal wurde gräfliches Eigentum. Am 2. Februar 1540 wurde im ehemaligen Kloster eine gräfliche Erziehungsanstalt für die Söhne des Grafen sowie für „andere Knaben aus dem Adel und aus der Bürgerschaft“ eröffnet. Sie wurde im Jahr 1561 aber wieder geschlossen und war zunächst Witwensitz für die Gemahlin des Grafen Katharina. Später wurde das ehemalige Kloster als Alterswohnsitz an Leo von Packmor (Oberst des Grafen) übereignet, der das Gebäude nach 1578 bewohnte. Um 1579 fanden im Nordflügel des Kreuzgangs Umbauarbeiten statt, bei denen teilweise das noch heute nachvollziehbare Raumgefüge entstand. Nach dem großen Stadtbrand 1581 stellte der Oberst auf Bitten des Stadtrats das Klostergebäude zunächst als Notunterkunft für die abgebrannte Schule zur Verfügung. Die bis 1589 andauernden Umbauarbeiten umfassten im Zusammenhang mit der Umnutzung des Klostergebäudes zur Arnstädter Stadt- und Landschule auch die östlichen Klausurgebäude, die in Richtung Süden mit neuem Zugang und Treppenhaus erweitert wurden. Außerdem entstanden 6 Klassenzimmer und Nebenräume sowie eine Wohnung für den Rektor.
Die Fachwerkaußenwand des Südflügels wurde dabei neu erbaut. Im Rahmen der von 1609 bis 1610 andauernden Erneuerung der Decke und des Dachstuhls der Oberkirche wurde deren Dach über den Kreuzgang erweitert.
Ab 1671 beherbergte das Gebäude das Lyceum, dann von 1829 bis 1864 das Gymnasium und von 1865 bis 1906 die höhere Mädchenschule. Infolge der Restaurierungsmaßnahmen in der Oberkirche von 1899 bis 1901 wurde der Aushub, der bei den Fußbodenarbeiten entstand, zur Anhebung des Kreuzhofs um ca. 1,2 Meter / 60 cm verwendet.
1911 ging das Gebäude wieder in kirchlichen Besitz. Zunächst wurde es zu Wohnzwecken und im Krieg als Soldatenheim genutzt sowie zeitweise als Kinderheim des Marienstifts. Heute befinden sich hier das evangelische Gemeindehaus, das Kirchenamt, eine Pfarr- und eine Pilgerwohnung.
Bei der Sanierung des nördlichen Kreuzgangs 2013 wurde, nachdem er auf das ursprüngliche Niveau vertieft worden war, im Herbst 2013 ein stählernes Innenkorsett zur statischen Sicherung der Wand eingelassen und zwei Beton- Geschossdecken neu eingebracht.
Damit entstand in der Höhe der ehemaligen Klausen ein Raum, der zukünftig für die Einrichtung einer Bibliothek und eines Archivs ausgebaut werden soll. Die Arbeiten am nördlichen Kreuzgang wurden mit der Aufbringung des Dachs, der Verankerung der Wand an das Stahlkorsett und dem Wegfall der äußeren Holzgerüste vorerst abgeschlossen. Bei der Sanierung wurde bereits berücksichtigt, dass der neu integrierte Ausgang des Kreuzganges in den Kreuzhof auf dessen ursprünglichem Niveau liegt.
Durch die zahlreichen Umbauten seit der Auflösung des Klosters ist die frühere Ausprägung des Kreuzhofes heute allerdings nicht mehr erkennbar. Vor allem das spätere Einbringen verschiedener Anbauten, veränderte die Form des historischen Gefüges grundlegend. Im gesamten Bereich sind keine befestigten Wegestrukturen zu erkennen. Der Hof wurde mit diversem Bodenmaterial aufgefüllt. Ein Teilbereich der Fläche wurde mit Splitt bedeckt.
